Doanh nghiệp nộp thừa thuế TNDN có được bù trừ không và nên xử lý ra sao?

Trong quá trình hoạt động, không ít doanh nghiệp rơi vào tình huống nộp thừa thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) do nhiều nguyên nhân khách quan hoặc chủ quan. Việc hiểu rõ quy định pháp luật về cách xử lý thuế TNDN nộp thừa là điều cần thiết để đảm bảo quyền lợi và tránh những rắc rối cho doanh nghiệp. Cùng BEE PRO tìm hiểu về các phương án xử lý thuế nộp thừa, quy trình thực hiện cũng như lưu ý quan trọng qua bài viết dưới đây.

Xem thêm:

• Thuế tiêu thụ đặc biệt là gì? Doanh nghiệp cần lưu ý gì để không vi phạm?
• Thuế xuất nhập khẩu áp dụng cho ai và được tính dựa trên những căn cứ nào?
• Điều chỉnh hóa đơn điện tử – Cập nhật mới từ 01/6/2025 theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP

Nộp thừa thuế TNDN là gì?

Nộp thừa thuế TNDN là trường hợp doanh nghiệp đã nộp một khoản thuế thu nhập doanh nghiệp vượt quá số tiền thuế thực tế phải nộp sau khi quyết toán với cơ quan thuế. Điều này đồng nghĩa với việc ngân sách Nhà nước đang giữ một khoản tiền thuế “thừa” của doanh nghiệp và doanh nghiệp có quyền yêu cầu bù trừ hoặc hoàn lại khoản này.

Có nhiều nguyên nhân phổ biến dẫn đến tình trạng nộp thừa thuế:

• Kê khai sai số liệu. Trong quá trình kê khai tạm nộp thuế hoặc quyết toán cuối năm, doanh nghiệp có thể nhập nhầm số liệu dẫn đến sai sót trong tính toán số thuế phải nộp.
• Nộp nhầm kỳ. Một số doanh nghiệp có thể vô tình nộp khoản thuế cho kỳ khác, gây ra chênh lệch tạm thời.
• Ước tính tạm nộp cao hơn mức thực tế. Doanh nghiệp ước tính lợi nhuận cao để nộp tạm, tuy nhiên sau khi quyết toán lợi nhuận thấp hơn nhiều nên dẫn đến số thuế TNDN nộp thừa.
• Do thay đổi chính sách thuế hoặc hướng dẫn. Có thể xảy ra do áp dụng chính sách thuế mới hoặc sự hướng dẫn chưa rõ ràng từ cơ quan thuế.

Tóm lại, việc nộp thừa thuế có thể xảy ra với bất kỳ doanh nghiệp nào. Quan trọng là phải nhận diện sớm nguyên nhân và có phương án xử lý phù hợp.

Có được bù trừ thuế TNDN nộp thừa sang kỳ sau không?

Khi doanh nghiệp phát hiện đã nộp thừa thuế TNDN, câu hỏi đầu tiên thường là: “Có thể bù trừ số tiền đó sang kỳ sau không?”. Câu trả lời là CÓ, với căn cứ pháp lý rõ ràng.

Theo Khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019:

“Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp ngân sách nhà nước lớn hơn số phải nộp thì được bù trừ với khoản phải nộp của kỳ tiếp theo hoặc được hoàn trả nếu không còn nợ ngân sách nhà nước.”

Cụ thể đối với thuế TNDN:

• Doanh nghiệp được bù trừ số thuế thu nhập doanh nghiệp nộp thừa sang kỳ tiếp theo, nhưng phải trong cùng tiểu mục ngân sách nhà nước.
• Nếu doanh nghiệp không còn nghĩa vụ thuế phải nộp, thì có quyền đề nghị hoàn trả khoản thuế doanh nghiệp nộp thừa.
• Việc lựa chọn bù trừ hay hoàn thuế sẽ phụ thuộc vào tình hình tài chính và nhu cầu của doanh nghiệp.

Việc bù trừ thuế TNDN nộp thừa sẽ giúp doanh nghiệp không phải nộp thêm tiền mặt trong kỳ sau, hỗ trợ dòng tiền hiệu quả hơn.

Thủ tục bù trừ thuế TNDN nộp thừa như thế nào?

Để được bù trừ thuế TNDN nộp thừa, doanh nghiệp cần nắm rõ quy trình, thủ tục theo Thông tư 80/2021/TT-BTC. Thủ tục được chia thành hai trường hợp: không cần hồ sơ và có yêu cầu nộp hồ sơ.

Trường hợp không cần hồ sơ bù trừ

Theo Điểm a.1, a.2, a.3 Khoản 1 Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC, doanh nghiệp không cần nộp hồ sơ bù trừ nếu:

• Khoản thuế nộp thừa phát sinh trong cùng kỳ và cùng tiểu mục với khoản phải nộp.
• Hệ thống quản lý thuế điện tử của cơ quan thuế tự động đối chiếu và thực hiện bù trừ, sau đó gửi thông báo điện tử cho người nộp thuế.
• Việc tự động hóa này giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian và tránh thủ tục hành chính rườm rà.

Trường hợp cần nộp hồ sơ bù trừ

Nếu không thuộc trường hợp bù trừ tự động, doanh nghiệp cần lập hồ sơ theo quy định tại Điểm a.4 Khoản 1 Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC. Hồ sơ gồm:

• Văn bản đề nghị bù trừ (theo mẫu ban hành kèm Thông tư).
• Tài liệu liên quan (nếu có), như biên lai nộp thuế, bảng kê đối chiếu,…
• Sau khi lập hồ sơ, doanh nghiệp nộp qua cổng thông tin thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế quản lý.

Quy trình xử lý từ cơ quan thuế

Căn cứ quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC:

Trong 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan thuế sẽ:

• Trường hợp hồ sơ đầy đủ, khớp dữ liệu: Thực hiện bù trừ và gửi Thông báo bù trừ cho doanh nghiệp.
• Trường hợp không khớp dữ liệu: Gửi Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung. Thời gian này không tính vào thời gian xử lý 5 ngày.
• Sau bổ sung, nếu vẫn không đủ điều kiện, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo từ chối bù trừ, ghi rõ lý do từ chối.

Quy trình rõ ràng, minh bạch giúp doanh nghiệp yên tâm thực hiện và theo dõi tiến độ xử lý hồ sơ của mình.

Nếu doanh nghiệp bạn gặp khó khăn trong việc xác định hồ sơ cần nộp hoặc quy trình xử lý phức tạp, đừng ngần ngại liên hệ BEE PRO – đơn vị chuyên cung cấp dịch vụ kế toán và pháp lý uy tín. BEE PRO sẽ hỗ trợ bạn thực hiện thủ tục hoàn hoặc bù trừ thuế TNDN nộp thừa một cách chính xác, đúng quy định và tiết kiệm thời gian tối đa.

Cơ quan nào có thẩm quyền giải quyết bù trừ thuế TNDN nộp thừa?

Không phải mọi khoản thuế nộp thừa đều được xử lý bởi một cơ quan thuế duy nhất. Theo Khoản 3 Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC, thẩm quyền giải quyết phụ thuộc vào loại khoản thu và cơ quan quản lý.

Cơ quan thuế quản lý trực tiếp

• Là nơi doanh nghiệp đăng ký mã số thuế và kê khai, nộp thuế định kỳ.
• Có thẩm quyền xử lý khoản thuế TNDN nộp thừa phát sinh từ các nghĩa vụ thuế thuộc phạm vi quản lý của mình.

Cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước

• Áp dụng với các khoản thu không thường xuyên hoặc thu theo phân cấp.
• Nếu khoản thuế TNDN nộp thừa liên quan đến nguồn thu đặc thù, cơ quan này sẽ có trách nhiệm xử lý.

Cơ quan thuế địa phương được phân bổ

• Trong một số trường hợp, doanh nghiệp có hoạt động tại nhiều tỉnh thành và được phân bổ thuế TNDN.
• Cơ quan thuế địa phương sẽ phối hợp với cơ quan chủ quản để xử lý việc hoàn thuế hoặc bù trừ phù hợp.

Doanh nghiệp nên xác định đúng cơ quan quản lý để gửi hồ sơ, tránh gửi sai làm kéo dài thời gian xử lý. Có như vậy doanh nghiệp mới có thể tiết kiệm thời gian nộp và nhận tiền thuế thừa.

Doanh nghiệp nên làm gì khi phát hiện thuế TNDN nộp thừa?

Khi xác định có khả năng đã nộp thừa thuế TNDN, doanh nghiệp nên chủ động thực hiện các bước sau để xử lý nhanh chóng và đúng quy định:

• Rà soát lại tờ khai và báo cáo quyết toán thuế để đối chiếu số liệu giữa tạm nộp và số thuế thực tế.
• Xác định nguyên nhân nộp thừa là do kê khai sai, do nhầm kỳ hay do thay đổi chính sách?
• Liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để hỏi rõ xem doanh nghiệp có thuộc trường hợp hệ thống tự bù trừ không, hay cần lập hồ sơ.
• Lập và gửi hồ sơ đề nghị bù trừ nếu cần, tuân thủ đầy đủ biểu mẫu và yêu cầu chứng từ liên quan.
• Theo dõi phản hồi từ cơ quan thuế, sẵn sàng bổ sung nếu được yêu cầu giải trình.

Thực hiện đầy đủ các bước này giúp doanh nghiệp không những đảm bảo quyền lợi mà còn duy trì quan hệ minh bạch với cơ quan thuế.

Kết luận

Nộp thừa thuế TNDN là tình huống dễ xảy ra, nhưng doanh nghiệp hoàn toàn có thể xử lý hiệu quả nếu tuân thủ đúng quy định. Việc chủ động rà soát, nắm rõ thủ tục và phối hợp với cơ quan thuế sẽ giúp tối ưu dòng tiền và tránh lãng phí thời gian. Xử lý đúng ngay từ đầu – để doanh nghiệp vững vàng phát triển!

Nếu bạn gặp bất kỳ vướng mắc nào trong quá trình xử lý, đừng ngần ngại để BEE PRO đồng hành và hỗ trợ doanh nghiệp bạn một cách chuyên nghiệp và kịp thời.

BEE PRO

Cảm ơn bạn đã xem bài viết này. Cập nhật các bài viết từ BEE PRO để biết thêm thông tin mới nhất về kế toán, thuế và các quy định chính sách cập nhật.

BEE PRO – Đồng hành tận tâm!